CCDC44の化学的阻害剤は、ミトコンドリアの翻訳装置内でこのタンパク質が機能するために重要な、様々な細胞やミトコンドリアのプロセスを破壊する。シクロスポリンAとラパマイシンはそのような2つの阻害剤である。シクロスポリンAはカルシニューリンを阻害し、タンパク質のリン酸化状態を低下させる可能性があり、リン酸化による制御を阻害することでCCDC44を阻害することができる。一方、ラパマイシンは、細胞増殖とタンパク質合成の中心的な調節因子であるmTORを標的としており、その阻害は、ミトコンドリア翻訳におけるCCDC44の役割の効率を低下させる可能性がある。さらに、オリゴマイシンとアンチマイシンAはミトコンドリアの電子伝達鎖に対して阻害作用を発揮し、ミトコンドリアのエネルギーを変化させ、CCDC44の活性を助長しない環境を作り出す可能性がある。オリゴマイシンはATP合成酵素を特異的に阻害し、アンチマイシンAは複合体IIIに結合して破壊し、CCDC44の機能に影響を与える可能性がある。
クロラムフェニコール、アクチノニン、テトラサイクリン、ピューロマイシン、ドキシサイクリン、エメチンはすべてミトコンドリアと細菌の翻訳プロセスの異なる側面を標的としているが、これには共通点がある。クロラムフェニコールとテトラサイクリンはミトコンドリアのリボソームに結合し、CCDC44が働く翻訳プロセスを阻害することができる。ペプチドデホルミラーゼに対するアクチノニンの阻害作用は、ミトコンドリアで新たに合成されたタンパク質の成熟を妨げ、それによってCCDC44の機能を損なう。ピューロマイシンは成長中のポリペプチド鎖の早期終結を引き起こし、翻訳を直接阻害し、エメチンのリボソーム阻害作用も同様にCCDC44の役割に影響を与える可能性がある。さらに、ジドブジンによるミトコンドリアDNAポリメラーゼγの阻害は、翻訳にCCDC44を必要とするミトコンドリア転写産物の生産に不可欠なミトコンドリアDNAの複製を阻害する可能性がある。最後に、メシル酸ミトキノンは、ミトコンドリアの機能を変化させることによって、CCDC44が働くミトコンドリアの環境を変化させ、CCDC44の阻害につながる可能性がある。これらの化学物質はそれぞれ異なるメカニズムを通して、CCDC44が必須であるミトコンドリア翻訳の阻害に収束する。
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