CCDC109A活性化物質として機能する化学物質は、タンパク質と直接相互作用するのではなく、細胞内のカルシウム動態を調節することによってその効果を発揮する。これらの化合物は、細胞外空間からのカルシウム流入を促進することによって、あるいは小胞体などの細胞内小器官からカルシウム貯蔵量を動員することによって、あるいはカルシウムシグナル伝達経路に影響を及ぼす酵素活性を調節することによって、細胞内カルシウム濃度の上昇を誘導する。
イソプロテレノールやフォルスコリンなどの化合物は、細胞質cAMPを増加させ、PKAの活性化につながる。PKAは次に、カルシウムの流入または内部貯蔵からの放出を促進する下流の標的をリン酸化し、ミトコンドリアへのカルシウム取り込みにより多くのカルシウムを利用可能にすることで、間接的にCCDC109Aの活性を促進する。A-23187とイオノマイシンはイオノフォアとして作用して細胞内カルシウムレベルを上昇させ、ミトコンドリアのカルシウムユニポーター活性を促進し、間接的にCCDC109Aの機能を高める。ヒスタミンとATPはそれぞれGタンパク質共役型受容体またはプリン作動性受容体を活性化し、セカンドメッセンジャー系を介して細胞質カルシウムの上昇を引き起こし、ミトコンドリアカルシウムの取り込みを促進することによって再びCCDC109Aの活性化をもたらす。CCDC109Aはカルシウムシグナルに応答してミトコンドリアのカルシウムユニポーター複合体活性を制御するため、この細胞質カルシウムの上昇はCCDC109Aのミトコンドリアカルシウム取り込みにおける役割にとって極めて重要である。従って、カルシウムの流入を誘導するか細胞内貯蔵からの放出を誘導するかにかかわらず、細胞質カルシウムレベルを効果的に上昇させる化合物は、CCDC109Aの間接的な活性化因子として機能する。
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