CCDC100の化学的阻害剤は、多様なメカニズムでその活性を調節する。スタウロスポリンは幅広いキナーゼ阻害剤であり、プロテインキナーゼC(PKC)を標的とすることにより、CCDC100を含む様々なタンパク質のリン酸化を抑制することができる。この作用により、CCDC100のリン酸化状態に依存することが多い正常な細胞機能に関与する能力が低下する。同様に、Bisindolylmaleimide Iは、CCDC100をリン酸化する原因となるPKCを特異的に阻害するため、その阻害によってCCDC100の活性が低下する可能性がある。エモジンはチロシンキナーゼ阻害剤として機能し、チロシンキナーゼがCCDC100をリン酸化してその機能を制御する可能性があるため、間接的にCCDC100のリン酸化とその後の活性に影響を与える可能性がある。
MAPK経路では、PD 98059とU0126はMEKの阻害剤として機能する。MEKはERK経路を活性化する上流キナーゼであり、リン酸化を通じてタンパク質の機能を調節する一般的な経路である。PD98059またはU0126によるこの経路の阻害は、CCDC100が下流の標的である場合、CCDC100のリン酸化と活性の低下をもたらす可能性がある。さらに、SB203580とSP600125は、MAPK経路の異なる構成要素、すなわちそれぞれp38 MAPKとJNKを標的とする。これらのキナーゼの阻害は、もしCCDC100がこれらの経路によって制御されているならば、CCDC100活性の低下につながる可能性がある。別の面では、LY294002とワートマンニンはPI3Kを阻害し、ラパマイシンはmTORを標的とするが、これらはいずれもPI3K/ACT/mTORシグナル伝達経路の一部である。もしCCDC100がこれらのシグナル伝達経路に関与しているのであれば、これらの経路の阻害はCCDC100のリン酸化状態や活性を乱す可能性がある。最後に、PP2とダサチニブはSrcファミリーチロシンキナーゼとc-KITを阻害し、様々なタンパク質をリン酸化することができる。もしCCDC100がこれらのキナーゼの基質であれば、これらのキナーゼの阻害によってその活性が低下する可能性がある。
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