ATPは細胞内の普遍的なエネルギー通貨であり、タンパク質のリン酸化を触媒する酵素であるキナーゼの基質であり、しばしばタンパク質の活性化につながる。W-7のようなカルモジュリン拮抗薬はカルモジュリン依存性キナーゼの機能を破壊し、多数のタンパク質の活性化状態を変化させる可能性がある。フッ化ナトリウムはリン酸化酵素を阻害することにより活性化因子として作用し、タンパク質の脱リン酸化を防ぎ活性状態を維持する。塩化亜鉛は、タンパク質の機能的なコンフォメーションを安定化させる重要な構造要素として機能することにより、タンパク質の活性化に寄与し、塩化マグネシウムは、リン酸基のタンパク質への転移を促進することにより、ATPアーゼおよびキナーゼの活性に極めて重要である。PMAはプロテインキナーゼCを活性化することが知られており、標的タンパク質をリン酸化し、様々な細胞応答を引き起こす。SNAPは、一酸化窒素の放出を通してグアニリルシクラーゼを刺激し、cGMPレベルを上昇させ、タンパク質の機能に影響を与える。
シクロスポリンAは、多くのタンパク質の不活性化に重要なリン酸化酵素であるカルシニューリンを阻害し、間接的にタンパク質を活性状態に維持するという点でユニークである。オカダ酸は、セリン/スレオニンホスファターゼを阻害することにより、同様の経路をたどり、タンパク質のリン酸化を増加させる。過酸化水素は、一般的には酸化ストレスの副産物として見られるが、シグナル伝達分子としても機能し、酸化を通じてタンパク質の活性を調節する。スタウロスポリンは主にキナーゼ阻害剤として知られているが、阻害濃度以下では逆説的に特定のキナーゼを活性化し、タンパク質の活性化に影響を与える。塩化リチウムは、多くのシグナル伝達経路に関与するキナーゼであるGSK-3βを標的とし、その阻害はこれらの経路内のタンパク質活性の調節につながる。
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