C6orf58の化学的阻害剤は多様であり、様々な細胞内シグナル伝達経路を通してタンパク質の活性に影響を与える。スタウロスポリンは幅広いプロテインキナーゼ阻害剤として機能し、もしタンパク質の機能がこれらのキナーゼによって制御されるリン酸化イベントを通して調節されるならば、C6orf58を阻害することができる。同様に、C6orf58がPI3K/ACT経路の一部であるか、それによって制御されている場合、WortmanninやLY294002のような阻害剤はこのシグナル伝達を阻害し、C6orf58を阻害することができる。細胞の成長と増殖の中心的な調節因子であるmTOR経路を標的とするラパマイシンも、このシグナル伝達経路に関与していれば、C6orf58を阻害することができる。さらに、PD98059とU0126は、MAPK/ERK経路の構成要素であるMEK1/2の選択的阻害剤であり、C6orf58がこれらのキナーゼの下流で作用しているか、これらのキナーゼによって制御されている場合には、C6orf58を阻害することができる。
アポトーシスなどの過程に関与するJNK経路は、SP600125によって標的とされる可能性があり、JNKシグナルがC6orf58を制御している場合には、C6orf58を阻害する可能性がある。同様に、SB203580がp38 MAPKを阻害することで、このタンパク質が下流のエフェクターであれば、C6orf58が阻害される可能性がある。様々なシグナル伝達経路で役割を果たすSrcファミリーキナーゼは、ダサチニブやPP2によって阻害される可能性がある。この阻害は、C6orf58がSrcシグナル伝達の制御下にある場合、C6orf58にも及ぶ可能性がある。最後に、PKCはBisindolylmaleimide IとGo6983によって阻害され得るもう一つのキナーゼであり、もしタンパク質の活性がPKC依存性のリン酸化イベントやタンパク質相互作用に依存しているならば、C6orf58を阻害するだろう。これらの化学物質は、C6orf58の活性を制御または影響する特定のシグナル伝達経路を遮断することにより、C6orf58の機能阻害に収束しうるメカニズムのスペクトルを提供する。
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