C6orf146の化学的阻害剤は、このタンパク質が関与するシグナル伝達経路を標的とすることにより、様々なメカニズムでその機能を破壊することができる。スタウロスポリンは、C6orf146を含む下流のタンパク質を活性化するリン酸化過程に不可欠なプロテインキナーゼを広く阻害することによって作用する。その結果、スタウロスポリンは、C6orf146の活性に必要なキナーゼの活性化を阻害することにより、C6orf146の機能的役割を阻害することができる。EGFRチロシンキナーゼ阻害剤であるエルロチニブとゲフィチニブは、C6orf146がその一部であるシグナル伝達カスケードにおいて重要な役割を果たすEGFRを標的とすることで、C6orf146の機能を直接阻害することができる。同様に、EGFRとHER2チロシンキナーゼの両方を阻害するラパチニブも、上流のシグナル伝達事象を阻害することによってC6orf146の機能を抑制することができる。
さらに、ソラフェニブとスニチニブは、それぞれRas/Raf/MEK/ERK経路と受容体チロシンキナーゼに関与する複数のキナーゼに作用することで、C6orf146の機能を阻害することができる。これらの経路は、C6orf146が関与する細胞増殖と生存のシグナル伝達に極めて重要である。ダサチニブは、Srcファミリーキナーゼとc-Kitを阻害することで、上流のシグナル伝達プロセスを遮断し、C6orf146の機能に影響を与えることができる。U0126は、MEK1/2を特異的に阻害することにより、MAPK/ERK経路を阻害し、結果としてC6orf146の機能を阻害する。LY294002はPI3Kを阻害し、ラパマイシンはmTORを阻害することで、C6orf146の活性に不可欠なPI3K/Akt/mTOR経路を阻害することができる。最後に、SB203580とSP600125は、それぞれp38 MAPキナーゼとJNKを阻害することができ、C6orf146が作用する経路に影響を与えるため、必要なシグナル伝達事象を阻害することによってその機能を阻害することができる。
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