C5orf35阻害剤は、クロマチン構造と遺伝子発現の調節に集約される様々な生化学的メカニズムを通して阻害効果を発揮する。阻害剤の中には、ヒストンにアセチル基を付加する酵素の活性を阻害することによって、この作用を実現するものがある。ヒストンのアセチル化を阻害することによって、これらの阻害剤はよりコンパクトなクロマチン状態を誘導し、C5orf35遺伝子の発現に必要な転写機構がアクセスしにくい状態にすることができる。他の阻害剤はDNAメチル化酵素の働きを阻害することによって作用し、ゲノム全体のメチル化パターンを変化させる。このような変化はC5orf35遺伝子プロモーターの脱メチル化をもたらし、転写抑制因子の結合を可能にし、最終的に遺伝子発現の減少につながる可能性がある。さらに、ある種の阻害剤はプロテアソームを介する分解経路を妨害し、ユビキチン化タンパク質の蓄積をもたらし、間接的にC5orf35遺伝子の転写制御に影響を与える可能性がある。
C5orf35阻害のさらなる間接的メカニズムには、遺伝子発現を支配する細胞内シグナル伝達経路の操作が含まれる。例えば、NF-kBシグナル伝達を阻害するような転写因子の活性化を阻害する阻害剤は、C5orf35がNF-kB依存性の経路で制御されている場合、その発現を低下させる可能性がある。他の阻害剤は、メチル化過程に関与する酵素反応の産物を標的とし、ヒストンやDNAのメチル化を変化させ、メチル化依存的な遺伝子の転写活性化を妨げることによって、C5orf35の発現に影響を与える可能性がある。
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