LY294002は、細胞の増殖と生存を制御する中心的なシグナル伝達経路であるPI3K/ACT経路を阻害する化合物であり、この経路によって活性化されるタンパク質をダウンレギュレートする可能性がある。SB431542は、細胞の分化と増殖に関与するTGF-β経路に作用し、このシグナル伝達ネットワーク内のタンパク質の機能を変化させる可能性がある。PD98059とU0126は共にMEK阻害剤であり、細胞分裂と分化の鍵となるMAPK/ERK経路の下流のタンパク質を阻害する可能性がある。ラパマイシンはmTOR阻害剤であり、タンパク質合成、細胞増殖、オートファジーに関与するタンパク質に影響を与える可能性があり、トリシリビンはAKTを特異的に標的としており、細胞生存シグナル伝達に影響を与える可能性がある。PP2は、Srcファミリーキナーゼ阻害剤として、細胞の成長と分化に関連するシグナル伝達に関与する様々なタンパク質に影響を与える可能性がある。
SP600125は、細胞のストレス応答に関与するJNKを阻害し、ストレスや炎症シグナルによって制御されるあらゆるタンパク質に影響を与える可能性がある。Y-27632は、ROCKを阻害することにより、細胞の形状、運動性、そしておそらく細胞骨格と相互作用するタンパク質に影響を与える可能性がある。DorsomorphinはAMPK阻害剤として、代謝経路やエネルギーバランスに関与するタンパク質の活性を変化させる可能性がある。BAPTA-AMは、細胞内カルシウムをキレートすることにより、カルシウム依存性のタンパク質に影響を与える可能性がある。一方、プロテアソーム阻害剤であるMG132は、タンパク質の分解を阻害し、C2orf55を含むタンパク質のターンオーバー全体に影響を与える可能性がある。
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