トリコスタチンAと5-アザシチジンはエピジェネティック機構を標的としており、間接的にC2orf43の発現レベルと機能状態に影響を与える可能性がある。C2orf43の役割はクロマチン・ダイナミクスに関係している可能性があり、そのためHDACやDNAメチル化酵素阻害剤は、転写の状況を変えることでその活性を変化させる可能性がある。MG-132やシクロヘキシミドのような化合物は、C2orf43の細胞内レベルを安定化させたり、枯渇させたりする作用がある。C2orf43が短命なタンパク質である場合、プロテアソーム阻害剤とタンパク質合成阻害剤は、それぞれそのターンオーバーまたは生成速度を調節することができる。
mTORやPI3K/ACT経路を標的とするラパマイシンやLY294002のような阻害剤は、細胞増殖、生存、オートファジーを制御するシグナル伝達カスケードを変化させることにより、間接的にC2orf43に影響を与える可能性がある。これらの経路は厳密に制御されており、それらの調節は、C2orf43に関連するものを含む様々な細胞機能の変化につながる可能性がある。スタウロスポリンやSP600125のようなキナーゼ阻害剤や、アクチノマイシンDやブレフェルジンAのような核酸合成や輸送に影響を与える薬剤は、細胞ネットワークを混乱させることによって間接的にC2orf43に影響を与える可能性がある。
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