C12orf43の化学的阻害剤は、様々な生化学的経路を通じてその機能を阻害することができる。WortmanninとLY294002はいずれも、成長、増殖、分化、運動性、生存などの細胞機能に関与する酵素ファミリーであるホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)の阻害剤である。PI3Kを阻害することにより、これらの化学物質は多くの細胞プロセスに関与しているPI3K/AKT経路を破壊することができる。C12orf43がこの経路からのシグナルによって制御されているか、あるいはシグナルに依存している場合、この混乱はC12orf43の機能阻害につながる可能性がある。もう一つの広範囲な阻害剤であるスタウロスポリンは、広範囲のキナーゼを標的としており、その中にはC12orf43をリン酸化したり、その活性を調節するキナーゼが含まれている可能性があり、機能的活性の低下につながる。同様に、ラパマイシンによるmTOR経路の阻害は、C12orf43が制御する下流のプロセスに影響を与えることで、C12orf43の活性を低下させる可能性がある。
シグナル伝達カスケードのさらに下流では、SB203580とU0126は異なるポイントでMAPK経路を標的とする:SB203580はp38 MAPKを阻害し、U0126はERKの上流にある2つのキナーゼ、MEK1/2を阻害する。これにより、C12orf43と相互作用するタンパク質へのシグナル伝達が減少し、C12orf43の機能が阻害される可能性がある。もう一つのMEK阻害剤であるPD98059は、同様にMAPK/ERK経路を破壊し、C12orf43が関与するシグナル伝達プロセスを阻害することにより、C12orf43の阻害をもたらす可能性がある。JNKを阻害するSP600125は、C12orf43と相互作用する遺伝子の制御に関与する可能性のある転写因子のリン酸化を減少させ、その阻害につながる。Srcファミリーキナーゼ阻害剤であるPP2は、C12orf43が関与する下流のシグナル伝達経路の活性を低下させ、その結果、C12orf43の活性を低下させることができる。ダサチニブとソラフェニブは、それぞれBcr-AblとSrcファミリーキナーゼと複数の受容体チロシンキナーゼを阻害することで、C12orf43の機能を制御する基質のリン酸化を阻害し、C12orf43の阻害をもたらすことができる。最後に、スニチニブはそのマルチターゲット受容体チロシンキナーゼ阻害活性により、C12orf43が関与するシグナル伝達経路を破壊し、細胞内でのタンパク質の機能的活性の阻害をもたらすことができる。
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