C12orf35の化学的阻害剤は、様々なシグナル伝達経路を標的とすることにより、その機能を調節する上で重要な役割を果たす。PI3K阻害剤であるWortmanninとLY294002は、C12orf35が作用する経路に直接関与するキナーゼであるAktの活性化を減少させるカスケード現象を引き起こす。このAkt活性化の減少は、結果的にC12orf35の機能阻害につながる。同様に、ラパマイシンはFKBP12に結合し、C12orf35の経路内のもう一つのキナーゼであるmTORを阻害する。このmTORの阻害は、C12orf35の下流のタンパク質の機能を抑制し、細胞内でのタンパク質の活性を効果的に低下させる。さらに、MEK1/2を標的とするPD98059とU0126は、C12orf35が属することが知られているもう一つのシグナル伝達カスケードであるMAPK/ERK経路におけるERKのリン酸化と活性を有意に低下させることができる。ERK活性を低下させることにより、これらの阻害剤はC12orf35の機能を低下させることができる。
これらに加えて、SB203580とSP600125はそれぞれp38 MAPキナーゼとJNKを標的としており、これらはどちらもC12orf35とのシグナル伝達経路に関与している。これらのキナーゼの阻害は、C12orf35の機能的活性の低下につながる。PP2とダサチニブは、C12orf35が関与する経路の上流制御因子であるSrcファミリーキナーゼを阻害する。これはキナーゼ活性の低下につながり、C12orf35の機能を阻害する可能性がある。エルロチニブとラパチニブは、C12orf35が関与する受容体チロシンキナーゼシグナル伝達経路の重要な構成要素であるEGFRとHER2を阻害する。これらの受容体を阻害することにより、C12orf35活性を制御する下流のシグナル伝達を抑制することができる。最後に、ソラフェニブはVEGFR、PDGFR、Rafキナーゼなどの複数のチロシンプロテインキナーゼを阻害するが、これらもC12orf35が活性を示すシグナル伝達経路の一部である。ソラフェニブによるこれらのキナーゼの阻害は、C12orf35の機能低下につながる可能性があり、この化合物が様々な相互関連経路を通してこの特定のタンパク質の活性を阻害する能力を持つことを示している。
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