C11orf63阻害剤には、C11orf63の制御に関与すると考えられる特定の細胞内シグナル伝達経路を標的とする化合物が含まれる。LY294002やWortmanninのようなPI3K阻害剤は、PI3K/AKT経路を阻害し、成長、増殖、生存を含む多くの細胞プロセスに重要である。PI3Kを阻害することで、これらの化合物はC11orf63の活性化や機能に必要なAKT活性を低下させる可能性がある。同様に、ラパマイシンのような化合物が標的とするmTOR経路は、タンパク質合成と細胞増殖に必須である。この経路を阻害すると、mTORによって制御されるタンパク質が減少し、C11orf63がこの制御ネットワークの一部であれば、影響を受ける可能性がある。
細胞増殖と生存に関わる経路に加え、MAPK/ERK経路もまた、タンパク質の機能に影響を与えるように調節できる重要なシグナル伝達カスケードである。U0126やPD98059のようなMEK阻害剤は、ERK1/2の活性化を阻害することによって作用する。ERK1/2は、C11orf63を含む様々なタンパク質のリン酸化とその後の活性化に必要である可能性がある。
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