BTNL9阻害剤には、特定の細胞内シグナル伝達経路を阻害することで効果を発揮し、間接的にBTNL9を阻害する多様な化合物が含まれる。キナーゼ阻害剤は、BTNL9の活性化に不可欠なリン酸化事象を阻止するようなもので、そのシグナル伝達カスケードを停止させることによって重要な役割を果たす。例えば、ある種のキナーゼ阻害剤はPI3K/ACTまたはMAPK経路を標的とし、これらはBTNL9活性を制御しうるものを含む多数の細胞プロセスに必須である。さらに、BTNL9がこの複雑な細胞内ネットワークの一部であると仮定すると、mTOR経路の阻害は、しばしば他の標的のために開発された化合物によって、BTNL9活性の低下につながる可能性がある。このことは、mTORが細胞の成長、増殖、生存の中心的な調節因子であり、その阻害がBTNL9のシグナル伝達を含むタンパク質のシグナル伝達に広範囲な影響を及ぼす可能性があるという事実によって強調される。
同様に、プロテアソーム阻害剤の使用は、BTNL9の機能を支配するタンパク質の安定性を調節する戦略的アプローチである。ある種の制御タンパク質のプロテアソーム分解を阻止することによって、これらの阻害剤はBTNL9の活性を間接的に低下させることができる。さらに、サリドマイド類似体の作用によるようなタンパク質分解経路の操作は、特定の阻害タンパク質の蓄積をもたらし、それによってBTNL9の活性を低下させる可能性がある。
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