BLOS3阻害剤は、リソソーム小器官の機能や生合成に間接的に影響を及ぼすことが知られている化学物質である。これらの化合物が影響を及ぼす主な方法の一つは、酵素機能にとって重要なリソソーム内のpHを調節することである。例えば、クロロキンやヒドロキシクロロキンは、リソソーム内のpHを上昇させるリソソームトロピック剤であり、リソソームの生合成に関与するBLOS3のようなタンパク質に影響を与える可能性がある。同様に、バフィロマイシンA1やコンカナマイシンAなどの化合物は、液胞H+-ATPaseを阻害し、リソソーム内腔の酸性化を阻害する。
タンパク質の分解におけるリソソームの役割も、阻害剤の標的となる。リューペプチン、ペプスタチンA、E64dはプロテアーゼ阻害剤であり、リソソームタンパク質の分解プロセスを阻害するため、リソソームの機能や生合成に関与するタンパク質に影響を及ぼす可能性がある。さらに、オートファジーとリソソームプロセスに重要なホスファチジルイノシトール3-キナーゼ(PI3K)経路は、3-メチルアデニン(3-MA)、Wortmannin、LY294002などの化合物によって阻害される。オートファジーを阻害することにより、これらの化合物は間接的にリソソームの生合成やBLOS3のようなタンパク質に影響を与える可能性がある。
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