BAGE4阻害剤には、遺伝子発現のエピジェネティックな調節を特異的に標的とする様々な化合物が含まれる。これらの阻害剤は、ヒストンのアセチル化状態に影響を与えることで、クロマチン構造、ひいてはBAGE4を含む遺伝子の転写活性に影響を与える。ヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)を阻害することで、これらの化合物はヒストンのアセチル化レベルを上昇させ、一般的に活発な転写と関連するオープンクロマチン構造をもたらす。しかし、BAGE4のような遺伝子の場合、この修飾は遺伝子発現の抑制につながる。この発現抑制の正確なメカニズムは完全には解明されていないが、転写抑制因子のリクルート、あるいは局所的なクロマチン環境の変化により、転写が起こりにくくなることが関与している可能性がある。
これらの阻害剤によるエピジェネティックな制御の複雑なプロセスは、BAGE4活性が阻害剤の適用によって低下しうることを示唆している。クロマチンランドスケープを変化させることで、アセチル化と脱アセチル化の間の動的平衡は、BAGE4遺伝子の転写抑制状態に有利にシフトする。このような遺伝子発現の変化は、HDACに対する阻害剤の作用の直接的な結果であり、BAGE4タンパク質レベルの低下、ひいてはその機能的活性の低下につながる。
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