Atg4D阻害剤は、オートファジックのフラックスを阻害する多様な化合物群からなり、それによって、オートファジックのプロセスに不可欠なLC3関連タンパク質に対するAtg4Dのタンパク質分解活性を間接的に阻害する。例えば、コンカナマイシンAやバフィロマイシンA1などの液胞H+-ATPase阻害剤は、オートファゴソームとリソソームの融合に必要なステップであるリソソームの酸性化を妨げる。適切な酸性化が行われないと、オートファジー基質の分解が阻害され、ひいてはAtg4Dの活性に影響を及ぼす。Atg4Dは、脱脂によってLC3関連タンパク質を準備するのに重要であり、このプロセスによってこれらのタンパク質の再利用が可能になり、さらにオートファジー現象が促進される。
クロロキンや3-メチルアデニンのような他の化合物は、異なるメカニズムでオートファジーを阻害する。クロロキンは細胞内小胞のpHを上昇させ、オートファゴソームの成熟を阻害する。一方、3-メチルアデニンはクラスIII PI3Kを阻害し、オートファゴソームの形成を早期に阻止する。
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