ANKRD46の化学的阻害剤は、様々な細胞内経路を通じてその機能を阻害することができる。H-89は、ANKRD46をリン酸化してその活性を変化させる可能性のあるキナーゼであるプロテインキナーゼA(PKA)を標的とする。PKAを阻害することにより、H-89はPKAを介したANKRD46の活性化を防ぐことができる。同様に、プロテインキナーゼC(PKC)阻害剤であるGF-109203Xと、より広くPKCアイソフォームを標的とするGo6983は、ANKRD46がPKCの基質であると仮定すると、ANKRD46のリン酸化状態を破壊し、その機能的活性を低下させる可能性がある。Rho関連タンパク質キナーゼ(ROCK)を阻害するY-27632と、ミオシン軽鎖キナーゼ(MLCK)を標的とするML-7は、細胞骨格の動態と細胞構造を変化させることにより、間接的にANKRD46の活性に影響を与える可能性があり、これは細胞内でのANKRD46の役割にとって重要であると考えられる。
さらに、ホスファチジルイノシトール3キナーゼ(PI3K)阻害剤であるLY294002とWortmanninは、ANKRD46の上流にある可能性のあるAKTシグナルを減少させることができる。PI3K活性を低下させることにより、これらの阻害剤は間接的に、ANKRD46を含む可能性のある下流の標的のリン酸化とその後の活性化を低下させる。U73122はホスホリパーゼCを阻害するので、細胞内カルシウムレベルが低下し、その活性がカルシウム依存性であればANKRD46に影響を与える可能性がある。MAPK経路調節の領域では、それぞれMEKとp38 MAPKを阻害するPD98059とSB203580は、ANKRD46がこれらのキナーゼの影響を受けている場合、そのリン酸化と活性化を低下させる可能性がある。SP600125はJNKキナーゼを阻害するが、JNKのリン酸化がANKRD46の機能に必要であれば、同様にANKRD46の活性低下につながる可能性がある。最後に、ラパマイシンは、細胞増殖と代謝の中心的な調節因子であるmTOR(mammalian target of rapamycin)を阻害するので、ANKRD46がmTORシグナル伝達に関連する経路に関与している場合、ANKRD46の機能的活性を低下させる可能性がある。
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