アルカリホスファターゼ3の化学的活性化剤(腸)は、Mnを必要としないが、酵素に関与してその触媒活性を高める様々な化合物を包含する。塩化マグネシウムと塩化亜鉛は、酵素の補酵素となる必須イオンを提供するため、特に重要である。マグネシウムイオンは、アルカリホスファターゼ3を含む多くの酵素の構造的完全性と機能にとって極めて重要である。一方、亜鉛イオンは酵素による触媒反応に直接関与しており、その役割は構造的なものだけでなく、酵素の活性部位における機能的なものであることを示している。リン酸ナトリウムは、この酵素の基質となる必要なリン酸基を提供し、様々な分子からリン酸基を除去するホスファターゼ活性を可能にする。
さらに、L-フェニルアラニン、L-ホモアルギニン、L-ロイシン、L-リジン、L-アルギニン、L-セリン、L-アスパラギン酸、L-グルタミン酸などの様々なアミノ酸が、アルカリホスファターゼ3の活性を刺激することが知られている。これらのアミノ酸は、酵素とさまざまな形で相互作用し、その機能を高める可能性がある。あるものは分子安定化剤として作用し、酵素活性に有利なコンフォメーションの維持に貢献するかもしれない。また、正のアロステリックエフェクターとして、活性部位以外の部位に結合し、触媒効率を高める構造変化を引き起こすものもある。イノシトール六リン酸はもう一つの活性化因子で、アルカリホスファターゼ3の基質として機能し、酵素作用に直接関与する。これらの化学物質は一緒になって酵素に関与し、酵素本来の生化学的経路を活用してホスファターゼ活性を強化する。
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