ディスインテグリン・メタロペプチダーゼ・ドメイン39(ADAM39)の化学的活性化剤には、その活性に不可欠な補酵素として機能する様々な金属イオンが含まれる。酢酸亜鉛は亜鉛イオンをメタロプロテアーゼドメインに結合させる。この結合は、基質のペプチド結合を加水分解するための水分子の正しい配向を促進するため、ADAM39の触媒活性に不可欠である。同様に、硫酸マンガン(II)のマンガンは補酵素として働くことによりADAM39の酵素活性を高める。マンガンイオンは、ADAM39が行うタンパク質分解に必要な電子伝達過程を助けると考えられる。硫酸銅(II)の銅もまた、ADAM39のメタロプロテアーゼドメインと相互作用し、その機能的活性を増加させる。この相互作用は、基質切断を可能にするタンパク質の構造コンフォメーションに不可欠である。
さらに、塩化マグネシウムのマグネシウムや塩化カルシウムのカルシウムのようなイオンは、ADAM39の構造的完全性に寄与し、基質との相互作用とプロテアーゼ活性化の前提条件である活性コンフォメーションと安定性を確保する。オルトバナジン酸ナトリウムのような他の化学物質は、チロシンホスファターゼを阻害することによってADAM39のリン酸化状態を高め、タンパク質の活性を増加させる。フォルボール12-ミリスチン酸13-アセテート(PMA)はプロテインキナーゼCを活性化し、その後ADAM39をリン酸化し活性化する。フォルスコリンは、cAMPレベルを上昇させることにより、プロテインキナーゼAを間接的に活性化し、ADAM39をリン酸化してその酵素機能を高める可能性がある。さらに、過酸化水素によって誘導される酸化的修飾は、ADAM39のタンパク質分解作用を増強する可能性がある。ニトロプルシドナトリウムは一酸化窒素を放出し、ADAM39をS-ニトロシル化する。最後に、塩化コバルト(II)由来のコバルトと硫酸ニッケル(II)由来のニッケルの存在は、ADAM39のタンパク質分解効率を高める代替補酵素として機能し、このメタロプロテアーゼの活性を制御しうる多様な化学的環境を示している。
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