ジンクフィンガータンパク質939の化学的阻害剤は、様々な生化学的経路を通してその機能に影響を与える。フォルボール12-ミリスチン酸13-アセテート(PMA)はプロテインキナーゼCを活性化し、その結果ジンクフィンガータンパク質939をリン酸化することができる。このリン酸化はタンパク質のDNA結合能を阻害し、活性を阻害する。同様に、トリコスタチンAはヒストン脱アセチル化酵素を阻害することで、クロマチン構造とDNAアクセシビリティを変化させ、ジンクフィンガータンパク質939のDNA認識部位への結合を阻害することができる。5-アザシチジンはDNAメチルトランスフェラーゼを阻害することで遺伝子発現プロファイルを変化させ、ジンクフィンガータンパク質939の標的遺伝子の発現に影響を与える。プロテアソーム阻害剤であるMG132は、ジンクフィンガータンパク質939の機能と競合したり、機能を阻害したりする調節タンパク質の蓄積を引き起こす可能性がある。
さらに、PD98059、LY294002およびWortmanninは、それぞれMEK、PI3KおよびPI3K/AKT経路の阻害剤として作用する。PD98059は、ジンクフィンガータンパク質939を含む様々な転写因子を制御することが知られているMAPK/ERK経路の活性化を阻止することができる。PI3K阻害剤であるLY294002とWortmanninは、AKTシグナル伝達経路を阻害し、ジンクフィンガータンパク質939の翻訳後修飾に影響を与える。SB203580とU0126は、それぞれp38 MAPKとMEKを阻害することにより、MAPKシグナル伝達経路に影響を与え、その後ジンクフィンガータンパク質939の活性を低下させる。ROCK阻害剤であるY-27632は、ジンクフィンガータンパク質939を含むタンパク質のリン酸化状態を変化させることができる。SP600125はJNK阻害剤として、多くの転写因子を制御するJNKシグナル伝達経路を破壊することができる。最後に、ラパマイシンは、ジンクフィンガータンパク質939を含む様々なタンパク質の機能と活性に影響を与える中心的な調節因子であるmTORを阻害する。
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