BAT1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h): sc-403785

Übersicht

DDX39B kodiert BAT1 (auch bekannt als UAP56), eine konservierte DEAD-Box-RNA-Helikase, die die ATP-abhängige Umstrukturierung von RNA-Protein-Komplexen während des Prä-mRNA-Spleißens und des mRNA-Exports unterstützt. BAT1 wirkt zusammen mit der TREX-/Exportmaschinerie, um Transkription, Spleißosomen-Dynamik und nukleären Export zu koppeln und dadurch Genexpressionsprogramme sowie die RNA-Qualitätskontrolle zu prägen. Über diese Funktionen beeinflusst die Aktivität von DDX39B die Zellproliferation, Stressantworten und die an die RNA-Prozessierung geknüpfte angeborene Immun-Signalgebung. Eine veränderte Regulation von RNA-Helikasen und der mRNP-Biogenese ist häufig mit onkogenen transkriptionellen Zuständen und inflammatorischen Phänotypen assoziiert, wodurch BAT1 ein nützliches Ziel für mechanistische Studien des RNA-Stoffwechsels in krankheitsrelevanten Modellen ist.

Das BAT1 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) ist ein Pool von Plasmiden, die für die gezielte Disruption des DDX39B-Gens in human-Zelllinien entwickelt wurden. Jedes Plasmid koexprimiert eine einzigartige Single-Guide-RNA (sgRNA), die auf eine bestimmte Stelle innerhalb des DDX39B-Gens abzielt, zusammen mit der Streptococcus pyogenes Cas9-Nuklease. Die Plasmide kodieren zudem für GFP, was die fluoreszente Identifizierung und Anreicherung erfolgreich transfizierter Zellen mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie ermöglicht.

Das Multi-Guide-Design erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass Insertionen oder Deletionen (Indels) entstehen, die den offenen Leserahmen von DDX39B nach der Cas9-vermittelten Bildung von Doppelstrangbrüchen unterbrechen. Durch das CRISPR/Cas9-System verursachte DNA-Brüche werden über endogene NHEJ-Wege (Non-Homologous End Joining) repariert, was häufig zu Frameshift-Mutationen führt, die die BAT1-Proteinexpression aufheben.

Dieses CRISPR-Knockout-System ermöglicht die effiziente Erzeugung von DDX39B-defizienten Zellmodellen zur Untersuchung der BAT1-Signalübertragung, für funktionelle Genomstudien, in der Krebsbiologieforschung sowie zur Bewertung therapeutischer Reaktionen in menschlichen Zelllinien.

Hauptmerkmale

• sgRNAs, die auf DDX39B-Exone abzielen, die für die BAT1-Funktion entscheidend sind
  Ko-Expression von SpCas9 und sgRNA aus einem einzigen Plasmid zur vereinfachten Verabreichung
  GFP-Reporter zur Identifizierung transfizierter Zellen
  Pool von Plasmiden, die auf mehrere DDX39B-Genomstellen abzielen, um die Knockout-Effizienz zu verbessern
  Kompatibel mit der Verabreichung durch Transfektion

Designvarianten

CRISPRs +/- HDRs

• gRNAs, die vom BAT1 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) und vom BAT1 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h2) kodiert werden, zielen auf unterschiedliche Stellen innerhalb des DDX39B-Lokus ab. Es kann ein oder beide Targeting-Designs verfügbar sein. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.
  HDR-Donorkonstrukte, kodiert durch das BAT1 HDR-Plasmid (h) und BAT1 HDR-Plasmid (h2) kodiert, enthalten eine Puromycin-Resistenzkassette und einen RFP-Reporter, flankiert von DDX39B-Homologiearmen, um die homologe Reparatur an definierten DDX39B-Zielstellen entsprechend den CRISPR/Cas9-KO-Designs zu unterstützen. Die Verfügbarkeit von HDR-Donoren kann variieren. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.