Il disulfiram e il cisplatino interagiscono rispettivamente con gli ioni metallici e con il DNA. Il legame del disulfiram con gli ioni metallici può modificare l'integrità strutturale dei domini a dito di zinco in proteine come ZNF646, influenzando così la loro affinità di legame con il DNA. Il cisplatino, formando addotti al DNA, può ostacolare l'accesso del fattore di trascrizione al DNA, interrompendo potenzialmente le interazioni ZNF646-DNA essenziali per la sua funzione.
La clorochina e l'MG132 hanno come bersaglio la degradazione autofagica e il sistema ubiquitina-proteasoma, che sono fondamentali per il turnover delle proteine. Modulando queste vie, questi composti possono influenzare indirettamente i livelli di ZNF646. PD98059, LY294002 e SP600125 sono inibitori delle vie chinasiche che agiscono sulle cascate di segnalazione cellulare, che possono modulare l'attività e la stabilità dei fattori di trascrizione, influenzando potenzialmente l'espressione genica regolata da ZNF646. L'ampio effetto della curcumina sulle vie di segnalazione e sui fattori di trascrizione potrebbe estendersi alla modulazione della funzione di ZNF646, data la sua natura pleiotropica. Infine, l'alfa-amanitina inibisce la RNA polimerasi II, responsabile della trascrizione dell'mRNA. Sopprimendo la sintesi di mRNA, l'alfa-amanitina può influenzare l'impegno trascrizionale di ZNF646 con i suoi geni bersaglio.
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