Gli inibitori chimici di ZNF555 utilizzano diversi meccanismi per interrompere la sua funzione. Il disulfiram, il cliochinolo, la 1,10-fenantrolina, il TPEN e il cloruro di cadmio hanno come bersaglio i domini zinc finger che sono cruciali per la capacità di legare il DNA di ZNF555. Il disulfiram e il cliochinolo agiscono come chelanti dei metalli, sequestrando gli ioni zinco e quindi destabilizzando i motivi zinc finger. Questa perdita di zinco interrompe l'integrità strutturale necessaria a ZNF555 per agganciarsi efficacemente al DNA. La 1,10-fenantrolina estende questa alterazione chelando gli ioni metallici, con conseguente compromissione del legame con il DNA. Analogamente, TPEN rimuove gli ioni zinco da ZNF555, innescando un cambiamento conformazionale e un'inibizione funzionale. Il cloruro di cadmio può sostituire lo zinco nei motivi delle dita di zinco, portando potenzialmente a ZNF555 mal ripiegato e funzionalmente inattivo.
Ebselen, Thiomersal e Withaferin A interferiscono con la struttura della proteina attraverso le loro interazioni con i residui di cisteina. La reattività di Ebselen verso i residui di cisteina può portare a un cambiamento conformazionale che inibisce l'attività di ZNF555. Il tiomersale si lega ai gruppi sulfidrilici all'interno dei domini ricchi di cisteina, alterando la struttura di ZNF555 e inibendone la funzione. Anche la Withaferina A si lega ai residui di cisteina e si presume che interferisca con la corretta formazione dei domini zinc finger di ZNF555. Lo zinco piritione altera l'omeostasi dello zinco e può provocare una carenza di zinco per ZNF555, inibendone ulteriormente la funzione. L'MG132 aggiunge un ulteriore livello di inibizione prendendo di mira la via dell'ubiquitina-proteasoma, portando all'accumulo di proteine ZNF555 mal ripiegate, che ne riducono la popolazione funzionale. Il triptolide inibisce i fattori di trascrizione necessari per le funzioni regolatorie di ZNF555, determinandone l'inibizione. Infine, PAC-1, attivando la caspasi-3, può portare alla degradazione di ZNF555, inibendo di fatto la sua presenza nella cellula.
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