Sono stati identificati attivatori di ZNF346 che influenzano la sua funzione attraverso una varietà di meccanismi cellulari, potenziando l'attività trascrizionale della proteina. Alcuni composti aumentano direttamente i livelli intracellulari di AMP ciclico, un messaggero secondario che attiva la proteina chinasi A. La chinasi attivata può quindi fosforilare ZNF346, migliorando la sua affinità di legame al DNA e l'attività trascrizionale. Altri attivatori funzionano inibendo la degradazione del cAMP, amplificando così la cascata di segnalazione che porta alla fosforilazione e alla successiva attivazione di ZNF346. Inoltre, esistono attivatori che aumentano le concentrazioni di calcio intracellulare, attivando le chinasi calcio/calmodulina-dipendenti. Queste chinasi possono anche fosforilare fattori di trascrizione come ZNF346, potenzialmente rafforzando la sua attività funzionale.
Alcuni attivatori hanno come bersaglio la via della proteina chinasi C, sia attraverso una stimolazione diretta sia alterando l'equilibrio delle attività delle chinasi, il che potrebbe portare a meccanismi indiretti che potenziano l'attività di ZNF346. È stato dimostrato che altre molecole inibiscono le vie che reprimono i fattori di trascrizione, aumentando così indirettamente l'attività trascrizionale di ZNF346 attraverso la riduzione dell'inibizione competitiva o la rimozione dei complessi co-repressori dai promotori genici. Inoltre, alcuni composti inibiscono le istone deacetilasi, determinando una struttura cromatinica aperta e una migliore accessibilità dei fattori di trascrizione come ZNF346 ai loro bersagli del DNA.
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