Nel contesto della segnalazione Wnt, l'attivazione di Wnt-16 può essere ottenuta indirettamente attraverso la manipolazione di altri componenti della via. Composti chimici come il cloruro di litio, il BIO e l'SB-216763 funzionano come inibitori della GSK-3β, una componente cruciale del complesso di distruzione della β-catenina. Inibendo la GSK-3β, questi composti impediscono la degradazione della β-catenina, un attore chiave della via Wnt. L'accumulo di β-catenina nel citoplasma porta alla sua traslocazione nel nucleo, dove interagisce con i fattori di trascrizione TCF/LEF per avviare la trascrizione dei geni bersaglio di Wnt. Pertanto, questi inibitori possono potenziare indirettamente l'attività di Wnt-16 promuovendo la stabilità della β-catenina, un effettore a valle di Wnt-16 nella via di segnalazione Wnt/β-catenina. Composti come SKL2001 e indometacina possono anche potenziare l'attività di Wnt-16 promuovendo direttamente o indirettamente l'accumulo di β-catenina. SKL2001 si lega direttamente alla β-catenina, interrompendo la sua interazione con Axin, impedendo così la sua degradazione e promuovendo la segnalazione Wnt. D'altra parte, è stato riscontrato che l'indometacina, un farmaco antinfiammatorio non steroideo, attiva la via Wnt/β-catenina, potenziando così l'attività di Wnt-16.
Altri composti, come XAV939 e IWR-1-endo, esercitano i loro effetti stabilizzando Axin, un componente del complesso di distruzione della β-catenina, con conseguente aumento della degradazione della β-catenina. Sebbene queste azioni inibiscano inizialmente la risposta Wnt, possono innescare un aumento compensativo dell'espressione e dell'attività di Wnt-16, potenziandone indirettamente la funzione. Analogamente, LGK-974 inibisce la Porcupina, un enzima coinvolto nella secrezione della proteina Wnt, che potrebbe anch'esso indurre un aumento compensatorio dell'attività di Wnt-16. È stato riscontrato che l'acido valproico, un inibitore dell'istone deacetilasi, aumenta la trascrizione dei geni bersaglio di Wnt, portando a un aumento dell'attività di Wnt-16. Anche la quercetina, un flavonoide, può potenziare l'attività di Wnt-16 grazie alla sua capacità di inibire la GSK-3β, portando all'attivazione della via di segnalazione Wnt/β-catenina. Infine, è stato riscontrato che la niclosamide, un farmaco antielmintico, inibisce la via di segnalazione Wnt/β-catenina a livello del complesso di distruzione, determinando un aumento dell'attività di Wnt-16 attraverso l'impedimento della degradazione della β-catenina.
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