Gli inibitori chimici di WDR88 agiscono attraverso vari meccanismi per inibire la sua funzione all'interno delle vie di segnalazione cellulare. Wortmannin e LY294002 sono inibitori specifici della fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), che svolge un ruolo centrale nella via PI3K/AKT, spesso associata ai segnali di crescita e sopravvivenza cellulare. Inibendo la PI3K, queste sostanze chimiche possono impedire l'attivazione di effettori a valle che possono essere essenziali per le funzioni di WDR88, inibendo così il suo ruolo nella cellula. L'inibizione da parte di Go6976, un potente inibitore della proteina chinasi C (PKC), suggerisce che se la funzione di WDR88 è mediata attraverso vie PKC-dipendenti, la sua attività sarebbe interrotta dall'inibizione della PKC. Analogamente, ML7 ha come bersaglio la miosina chinasi della catena leggera (MLCK), un enzima coinvolto nell'organizzazione citoscheletrica. Il ruolo di WDR88 nei processi dipendenti dall'attività di MLCK sarebbe influenzato da ML7, con conseguente inibizione della sua funzione nella dinamica citoscheletrica.
Inoltre, SB203580 e PD98059 inibiscono rispettivamente la p38 MAP chinasi e la MEK, che sono componenti della via di segnalazione MAPK. Se WDR88 si basa sulla segnalazione di p38 MAPK o ERK per la sua funzione, l'inibizione di queste chinasi interromperebbe la cascata di segnalazione che coinvolge WDR88. SP600125, un inibitore della c-Jun N-terminal kinase (JNK), e Y-27632, un inibitore selettivo della Rho-associated protein kinase (ROCK), hanno entrambi come bersaglio chinasi che potrebbero regolare WDR88 attraverso le rispettive vie. L'inibizione di JNK o ROCK porterebbe probabilmente a una diminuzione dell'attività di WDR88 nei processi regolati da queste vie. U73122, che inibisce la fosfolipasi C (PLC), e BAPTA-AM, un chelante del calcio, interrompono la segnalazione dipendente dal calcio. Poiché WDR88 può essere regolato da tale segnalazione, il loro uso può portare a un'inibizione del ruolo di WDR88 nelle vie mediate dal calcio. Inoltre, KN-93 e PP2, inibitori della chinasi II calcio/calmodulina-dipendente (CaMKII) e delle tirosin-chinasi della famiglia Src, rispettivamente, influenzano le funzioni associate a WDR88 inibendo queste chinasi, che possono essere regolatori a monte dell'attività di WDR88 all'interno della cellula.
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