Gli inibitori chimici di TSPAN11 funzionano attraverso vari meccanismi per interrompere la sua attività all'interno delle membrane cellulari. Il GW4869, prendendo di mira la sfingomielinasi, impedisce la formazione di ceramide, un lipide critico nella composizione dei microdomini arricchiti di tetraspanina in cui TSPAN11 è attivo. L'assenza di ceramide può disorganizzare questi microdomini e impedire la funzione di TSPAN11 all'interno di queste strutture. La manumicina A, invece, inibisce la farnesiltransferasi, un enzima responsabile della modificazione post-traduzionale delle proteine con cui TSPAN11 interagisce. Questa inibizione impedisce la farnesilazione, necessaria per la corretta localizzazione e trasporto di TSPAN11, compromettendone la funzione. Analogamente, D609 interrompe l'attività di TSPAN11 inibendo la fosfolipasi C specifica per la fosfatidilcolina, essenziale per la produzione di diacilglicerolo, una molecola fondamentale per la dinamica della membrana e la funzione di TSPAN11.
La perifosina interferisce con TSPAN11 inibendo la segnalazione di Akt, una via che contribuisce a regolare la localizzazione e la funzione di TSPAN11 nelle membrane cellulari. L'imipramina, un ampio inibitore della sfingomielinasi acida, inibisce analogamente la formazione di ceramide, che è fondamentale per l'associazione di TSPAN11 con le zattere lipidiche, influenzandone di conseguenza la funzione. Il progesterone, attraverso la sua interazione con i recettori sigma-1 che si associano a TSPAN11, può interrompere le interazioni funzionali di TSPAN11. U73122, inibendo la fosfolipasi C, può interrompere le vie di trasduzione del segnale che coinvolgono TSPAN11. La metil-β-ciclodestrina e la filippina III mirano entrambe al colesterolo all'interno delle membrane cellulari, estraendolo o legandosi ad esso rispettivamente, il che interrompe le zattere lipidiche in cui opera TSPAN11, determinandone l'inibizione funzionale. La genisteina, come inibitore della tirosin-chinasi, interrompe le vie di segnalazione che regolano TSPAN11. La monensina altera i gradienti ionici intracellulari, influenzando il traffico e la funzione di TSPAN11. Infine, la nistatina, come la metil-β-ciclodestrina e la filippina III, si lega al colesterolo e distrugge le zattere lipidiche, inibendo il ruolo di TSPAN11 all'interno di questi microdomini di membrana.
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