Gli inibitori chimici di TRIM37 possono ostacolare la funzione della proteina attraverso vari meccanismi, mirando principalmente al sistema ubiquitina-proteasoma, che è parte integrante del suo ruolo nel turnover e nella degradazione delle proteine. MG132, Bortezomib, Lactacystin, Epoxomicin, PI-1840, Withaferin A, Carfilzomib, Oprozomib e Nelfinavir sono inibitori del proteasoma che portano all'accumulo di proteine ubiquitinate nella cellula. Impedendo al proteasoma di degradare le proteine marcate da TRIM37, questi inibitori possono causare la disfunzione di TRIM37 e un accumulo aberrante dei suoi substrati, che può interferire con l'omeostasi cellulare. Questo accumulo può ostacolare la capacità di TRIM37 di regolare il controllo di qualità delle proteine, poiché si affida al proteasoma per degradare le proteine che ha marcato per la distruzione.
Inoltre, la clorochina e la concanamicina A interrompono la via di degradazione lisosomiale. La clorochina aumenta il pH dei lisosomi, il che può compromettere la degradazione delle proteine che TRIM37 ha destinato alla degradazione lisosomiale. Analogamente, la concanamicina A, in quanto inibitore della V-ATPasi, può disturbare l'acidificazione lisosomiale, ostacolando potenzialmente la degradazione dei substrati di TRIM37 all'interno del lisosoma. Interferendo con il processo di degradazione nei lisosomi, questi inibitori possono inibire indirettamente la funzionalità di TRIM37 per quanto riguarda le proteine destinate a questa via di degradazione. Nel frattempo, MLN4924 inibisce l'enzima attivatore NEDD8, cruciale per il processo di neddilazione che modifica le ubiquitina ligasi cullina-RING, una classe di enzimi a cui TRIM37 potrebbe essere funzionalmente associato. L'inibizione di questo processo a monte può avere effetti a valle sull'attività di TRIM37, che potrebbe dipendere dal corretto funzionamento della via di neddilazione per esercitare i suoi effetti sull'ubiquitinazione delle proteine e sulla successiva degradazione.
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