Gli inibitori chimici di TMEM9B funzionano interferendo con vari processi cellulari essenziali per la corretta localizzazione, stabilità e attività della proteina all'interno della cellula. La brefeldina A, ad esempio, altera la funzione dell'apparato di Golgi, che è parte integrante dell'elaborazione e del traffico di proteine transmembrana come TMEM9B, causandone la disfunzione. La genisteina, come inibitore della tirosin-chinasi, può inibire eventi di fosforilazione potenzialmente cruciali per l'attivazione o la funzione di TMEM9B. Analogamente, Dynasore ha come bersaglio la GTPasi dynamin, essenziale per l'endocitosi, che può influenzare il riciclo endocitico o la degradazione di TMEM9B. U18666A e Filipin alterano rispettivamente l'omeostasi del colesterolo e l'integrità della zattera lipidica, alterando l'ambiente di membrana in cui TMEM9B risiede ed è attivo. L'inibizione della sfingomielinasi da parte di GW4869 altera i livelli di sfingomielina e di ceramide, incidendo ulteriormente sulle attività di membrana di TMEM9B.
Inoltre, composti come la monensina e la ionomicina influenzano rispettivamente i gradienti ionici e i livelli di calcio intracellulare, che possono influenzare il pH e le vie di segnalazione calcio-dipendenti rilevanti per la funzione di TMEM9B. Gö6976 inibisce la proteina chinasi C, alterando potenzialmente lo stato di fosforilazione di TMEM9B o dei suoi partner interagenti, necessari per l'attività di TMEM9B. La nistatina, legandosi agli steroli di membrana, può perturbare la struttura della membrana e quindi influenzare la conformazione e la funzione di TMEM9B. Infine, la tunicamicina inibisce la glicosilazione N-linked, una modifica che potrebbe essere cruciale per il corretto ripiegamento, la stabilità o il traffico di TMEM9B, con conseguente inibizione funzionale.
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