Os inibidores químicos do TMEM9B funcionam interferindo com vários processos celulares essenciais para a localização, estabilidade e atividade adequadas da proteína na célula. A brefeldina A, por exemplo, perturba a função do aparelho de Golgi, que é essencial para o processamento e o tráfico de proteínas transmembranares como a TMEM9B, levando à sua disfunção. A genisteína, como inibidor da tirosina quinase, pode inibir eventos de fosforilação que são potencialmente cruciais para a ativação ou função do TMEM9B. Do mesmo modo, o Dynasore tem como alvo a GTPase dynamin, essencial para a endocitose, que pode afetar a reciclagem endocítica ou a degradação do TMEM9B. O U18666A e a Filipina perturbam a homeostase do colesterol e a integridade das jangadas lipídicas, respetivamente, o que pode alterar o ambiente membranar onde o TMEM9B reside e está ativo. A inibição da esfingomielinase pelo GW4869 altera os níveis de esfingomielina e de ceramida, afectando ainda mais as actividades associadas à membrana do TMEM9B.
Além disso, compostos como a Monensina e a Ionomicina afectam os gradientes de iões e os níveis de cálcio intracelular, respetivamente, o que pode influenciar o pH e as vias de sinalização dependentes do cálcio relevantes para a função do TMEM9B. O Gö6976 inibe a proteína quinase C, alterando potencialmente o estado de fosforilação do TMEM9B ou dos seus parceiros de interação, o que é necessário para a atividade do TMEM9B. A nistatina, que se liga aos esteróis da membrana, pode perturbar a estrutura da membrana e, assim, afetar a conformação e a função do TMEM9B. Por último, a tunicamicina inibe a glicosilação ligada à N, uma modificação que pode ser crucial para a correcta dobragem, estabilidade ou tráfico do TMEM9B, resultando na sua inibição funcional.
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