Gli inibitori di PLEKHM1 possono contenere composti come la bafilomicina A1, la clorochina e la monensina che alterano il gradiente di pH attraverso la membrana endosomiale, un fattore critico per il corretto funzionamento di PLEKHM1 negli eventi di fusione delle vescicole. Modificando l'ambiente endosomiale, queste sostanze chimiche possono interferire con i normali ruoli di traffico di PLEKHM1.
Altre sostanze chimiche di questa classe hanno come bersaglio i componenti citoscheletrici che facilitano il trasporto delle vescicole, fondamentale per il traffico mediato da PLEKHM1. La citocalasina D, l'ML9, la vinblastina, il paclitaxel e il nocodazolo esercitano i loro effetti interrompendo i filamenti di actina o i microtubuli, impedendo così potenzialmente l'interazione o il movimento di PLEKHM1 lungo queste strutture citoscheletriche. Inoltre, inibitori come Dynasore, Wortmannin e Pitstop 2 interferiscono con la formazione e la maturazione delle vescicole e con l'endocitosi, tutte fasi essenziali dei percorsi in cui opera PLEKHM1. La genisteina è una molecola che inibisce le tirosin-chinasi, in grado di modulare le cascate di segnalazione che possono regolare la funzione o l'espressione di PLEKHM1.
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