Gli inibitori chimici di PDZ-GEF1 mirano a varie vie di segnalazione e meccanismi molecolari per ottenere l'inibizione funzionale della proteina. Ly294002, ad esempio, inibisce le fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), che sono regolatori a monte della via di segnalazione PI3K/Akt in cui PDZ-GEF1 è attivo. Ostacolando la PI3K, si impedisce la successiva attivazione di Akt e l'eventuale attivazione di PDZ-GEF1, determinando un'interruzione della cascata di segnalazione che sarebbe normalmente propagata da PDZ-GEF1. La wiskostatina adotta un approccio diverso, inibendo N-WASP, un effettore a valle che lavora insieme ai processi di polimerizzazione dell'actina influenzati da PDZ-GEF1. Questa interruzione inibisce la riorganizzazione del citoscheletro, un processo che PDZ-GEF1 può regolare. Analogamente, l'NSC23766 ha come bersaglio Rac1, una piccola GTPasi attivata da PDZ-GEF1 e, inibendo Rac1, interrompe efficacemente gli eventi di segnalazione a valle facilitati dall'attivazione di PDZ-GEF1.
Continuando con il tema dell'inibizione specifica della via, ML141 e EHT 1864 hanno come bersaglio rispettivamente le GTPasi Cdc42 e Rac. ML141, inibendo Cdc42, ostacola indirettamente la segnalazione di PDZ-GEF1 perché PDZ-GEF1 attiva Cdc42 per indurre cambiamenti citoscheletrici. EHT 1864 impedisce l'attivazione di Rac, ostacolando così la segnalazione Rac mediata da PDZ-GEF1. PD98059 e SP600125 sono inibitori rispettivamente di MEK e JNK, entrambi componenti della via MAPK/ERK, una via che PDZ-GEF1 può attivare. Inibendo queste chinasi, si blocca la segnalazione che si propaga tipicamente a valle di PDZ-GEF1. SB203580, un altro inibitore della via MAPK, ha come bersaglio specifico la p38 MAPK e, di conseguenza, interrompe la cascata di segnalazione di PDZ-GEF1. Y-27632 e Gö6976 inibiscono rispettivamente ROCK e le PKC convenzionali, entrambe coinvolte nelle vie di segnalazione a valle di PDZ-GEF1. Bloccando queste chinasi, gli inibitori impediscono gli eventi di fosforilazione necessari affinché PDZ-GEF1 eserciti le sue funzioni regolatorie. PP2, un inibitore delle chinasi della famiglia Src, ostacola le chinasi potenzialmente coinvolte nelle vie legate a PDZ-GEF1, compromettendo così la trasduzione del segnale che PDZ-GEF1 normalmente faciliterebbe. Infine, BAPTA-AM, un chelante del calcio, interrompe le vie di segnalazione calcio-dipendenti in cui PDZ-GEF1 può essere coinvolto, inibendo così indirettamente le risposte cellulari guidate da PDZ-GEF1.
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