Gli inibitori di NOD9 sono composti che, pur non inibendo direttamente NOD9 (NLRX1), possono influenzarne indirettamente l'attività. Questi composti agiscono principalmente sulle risposte cellulari allo stress o sulla risposta immunitaria innata, influenzando così la funzione di NLRX1. Ad esempio, la ciclosporina A e l'FK506 sono immunosoppressori che inibiscono la via della calcineurina. Poiché la NLRX1 svolge un ruolo nella risposta immunitaria innata, questi composti possono inibire indirettamente la NLRX1.
Al contrario, composti come PD98059, SP600125, SB203580, BAY 11-7082, LY294002, Wortmannin e Rapamicina inibiscono varie parti delle vie MAPK e PI3K/AKT/mTOR. Dato il ruolo di NLRX1 nella modulazione di queste vie, questi composti possono innescarne l'inibizione. Altri composti come Mdivi-1, 2-Deossi-D-glucosio e Z-VAD-FMK disturbano la funzione mitocondriale, inibiscono la glicolisi o inibiscono l'apoptosi, rispettivamente.
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