Gli inibitori della NAT-11 comprendono una serie di composti chimici che interferiscono con il ruolo della proteina nel mantenere l'equilibrio di acetilazione e deacetilazione all'interno delle cellule. La tricostatina A e l'acido anacardico sono due esempi che alterano il delicato equilibrio degli stati di acetilazione inibendo rispettivamente le attività della deacetilasi e dell'acetiltransferasi. La capacità della tricostatina A di promuovere l'iperacetilazione può ostacolare la funzione deacetilasica della NAT-11, mentre l'acido anacardico compete con la NAT-11 per il sito di legame dell'acetil-CoA, riducendo potenzialmente la capacità della NAT-11 di acetilare efficacemente i suoi substrati.
Altri composti, come il Garcinol e il C646, hanno come bersaglio le istone acetiltransferasi (HAT), ma possono anche influenzare indirettamente l'attività della NAT-11. Inibendo le HAT, possono ridurre il pool di proteine acetilate, limitando i substrati disponibili per l'azione del NAT-11. Questo potrebbe portare a una diminuzione della NAT-11. Questo potrebbe portare a una diminuzione dell'attività funzionale di NAT-11, che ha meno bersagli da deacetilare, alterando l'equilibrio di acetilazione.
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