Gli inibitori della MDP-1 comprendono una serie di composti chimici che interagiscono con varie vie cellulari, determinando un'inibizione indiretta dell'attività della MDP-1. I composti che hanno come bersaglio l'adenil ciclasi per aumentare i livelli di cAMP possono contribuire a creare un ambiente che favorisce lo stato fosforilato delle proteine, contrastando la funzione di de-fosforilazione dell'MDP-1. Allo stesso modo, inibendo le fosfatasi proteiche, alcune tossine preservano lo stato di fosforilazione di substrati specifici, diminuendo di fatto la disponibilità di bersagli per l'azione dell'MDP-1. In particolare, la stabilizzazione delle proteine fosforilate da parte di queste tossine fa sì che l'attività di de-fosforilazione della MDP-1 sia meno impattante. Altri metodi di inibizione indiretta provengono da sostanze che interrompono la prenilazione, una modificazione post-traslazionale delle proteine che potrebbe includere potenziali substrati di MDP-1, alterando così il panorama dell'attività di MDP-1 all'interno della cellula.
Altri inibitori agiscono modulando la segnalazione del calcio, un sistema fondamentale di secondi messaggeri che regola numerosi processi cellulari, compresi quelli associati alla de-fosforilazione. Gli antagonisti della calmodulina, una proteina messaggera che lega il calcio, possono ridurre indirettamente l'attività della MDP-1 influenzando le vie di defosforilazione calcio-dipendenti. Inoltre, i bloccanti dei canali del calcio contribuiscono all'inibizione indiretta di MDP-1 alterando i livelli di calcio intracellulare, che potrebbero portare alla persistenza dello stato fosforilato in alcune proteine, eludendo l'attività fosfatasica di MDP-1.
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