Per quanto riguarda la classe chimica degli inibitori di MDH2, questi composti rappresentano un gruppo eterogeneo in grado di interagire con l'enzima MDH2 e potenzialmente inibirne l'attività. I loro meccanismi d'azione comprendono l'inibizione competitiva attraverso l'imitazione di substrati o prodotti del ciclo di Krebs, l'interferenza con il legame dei cofattori e l'imitazione strutturale degli intermedi del ciclo dell'acido citrico. Questi inibitori vanno da semplici acidi organici come il malonato a composti più complessi come l'atovaquone.
La loro azione è incentrata sulla modulazione dell'attività enzimatica di MDH2, un componente cruciale del metabolismo cellulare. Prendendo di mira questo enzima, questi inibitori mirano a influenzare i processi metabolici in cui MDH2 è coinvolto, in particolare la conversione del malato in ossalacetato nel ciclo dell'acido citrico.
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