La funzione di MBD3L4 modula il paesaggio di metilazione del DNA, che a sua volta influenza la capacità di questa proteina di riconoscere e legarsi alle regioni metilate del genoma. L'inibitore della bromodomina JQ1 altera la struttura della cromatina e l'espressione genica inibendo il legame delle proteine contenenti la bromodomina agli istoni acetilati, il che può facilitare l'attivazione di MBD3L4 esponendo nuovi siti di DNA metilato per il legame. Analogamente, gli inibitori della DNA metiltransferasi, come la 5-aza-2'-deossicitidina, l'RG108, l'SGI-1027 e la zebularina, riducono direttamente i livelli di metilazione del DNA, il che può potenziare il ruolo funzionale di MBD3L4 nel legarsi al DNA. Questi agenti causano l'ipometilazione del DNA, portando potenzialmente all'attivazione di MBD3L4 a causa di un maggiore riconoscimento di regioni di DNA aberratamente metilate che altrimenti verrebbero represse.
Altri attivatori chimici, tra cui il partenolide, il disulfiram, la procaina, l'idralazina, l'epigallocatechina gallato e la genisteina, operano attraverso meccanismi simili di alterazione dei modelli di metilazione, che possono attivare MBD3L4. Il partenolide, ad esempio, può influenzare la metilazione del DNA e quindi modulare l'attività di MBD3L4. Il disulfiram, noto per la sua azione inibitoria della DNA metiltransferasi, può portare a un'ipometilazione globale, che può alterare l'affinità di legame di MBD3L4 ai siti di DNA metilati. La procaina e l'idralazina, in quanto agenti demetilanti, possono attivare MBD3L4 aumentando la capacità della proteina di legarsi alle sequenze di DNA bersaglio. L'epigallocatechina gallato e la genisteina, con la loro attività inibitoria della DNA metiltransferasi, possono modificare i modelli di metilazione del DNA, facilitando l'attivazione di MBD3L4 attraverso l'alterazione delle sue dinamiche di legame al DNA. Queste modifiche indotte da sostanze chimiche nello stato di metilazione del DNA sono fondamentali per l'attivazione di MBD3L4, consentendogli di partecipare ai processi di regolazione in cui è coinvolto.
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