Gli inibitori chimici di MAGE-B1 funzionano interferendo con la corretta regolazione della struttura della cromatina, fondamentale per la trascrizione e la successiva espressione della proteina. Gli inibitori dell'istone deacetilasi (HDAC), come la tricostatina A, il vorinostat, la romidepsina, il panobinostat, il belinostat, la chidamide, l'entinostat, l'acido valproico, il butirrato di sodio, l'AR-42, il pracinostat e la tacedinalina, sono noti per alterare lo stato di acetilazione degli istoni. Aumentando il livello di acetilazione, questi inibitori impediscono alla cromatina di condensarsi, uno stato tipicamente associato alla soppressione dell'espressione genica. Questo stato iperacetilato indotto dagli inibitori HDAC causa una struttura cromatinica rilassata che può impedire il legame di specifici fattori di trascrizione o di altre proteine necessarie per la trascrizione di MAGE-B1. Poiché questi fattori di trascrizione non sono in grado di legarsi alle regioni promotrici del gene MAGE-B1, l'avvio della trascrizione viene inibito, portando a una diminuzione della produzione della proteina MAGE-B1 e a una conseguente riduzione della sua funzionalità all'interno della cellula.
Inoltre, l'azione degli inibitori HDAC può avere un effetto ampio sull'espressione genica, ma il loro impatto su MAGE-B1 deriva dal requisito specifico della trascrizione strettamente regolata per la funzione della proteina. L'alterazione della struttura della cromatina non solo impedisce la trascrizione di MAGE-B1, ma può anche influire sulle modifiche post-trascrizionali e sulla stabilità dell'mRNA, riducendo ulteriormente la sintesi della proteina. Poiché questi composti mantengono la cromatina in uno stato non favorevole all'espressione di MAGE-B1, inibiscono efficacemente la presenza funzionale della proteina. Il risultato complessivo è un ambiente cellulare in cui l'attività di MAGE-B1 diminuisce a causa della ridotta disponibilità della proteina attiva, inibendo così i processi cellulari in cui MAGE-B1 è coinvolta.
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