Gli inibitori chimici di Ly-6D possono agire attraverso diverse vie molecolari per ottenere l'inibizione funzionale di questa proteina. Il forbolo 12-miristato 13-acetato (PMA) e la staurosporina agiscono attraverso la modulazione della proteina chinasi C (PKC). La staurosporina, inibendo la PKC, impedisce la fosforilazione e la successiva attivazione di Ly-6D. La genisteina, un inibitore della tirosin-chinasi, e il Dasatinib, un inibitore delle chinasi della famiglia Src, impediscono entrambi la fosforilazione necessaria per l'attività di Ly-6D; pertanto, la loro azione porta alla sua inibizione funzionale. LY294002 e Wortmannin, entrambi inibitori della PI3K, sopprimono la via PI3K/Akt che può regolare l'attività di Ly-6D, con conseguente diminuzione della funzione della proteina.
Inoltre, U0126 e PD98059, entrambi inibitori di MEK, riducono l'attivazione della via ERK, che potrebbe essere necessaria per l'attività funzionale di Ly-6D. SB203580 ha come bersaglio la via p38 MAPK e SP600125 inibisce JNK, entrambi parte della cascata di segnalazione MAPK; l'inibizione di queste vie può portare a una diminuzione dell'attività di Ly-6D. Il ruolo della rapamicina come inibitore di mTOR influenza anche la via PI3K/Akt, contribuendo ulteriormente all'inibizione funzionale di Ly-6D impedendo la necessaria segnalazione a valle. PP2, un altro inibitore delle tirosin-chinasi della famiglia Src, riduce gli eventi di fosforilazione mediati dalla Src-chinasi, potenzialmente cruciali per l'attività di Ly-6D.
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