La classe chimica nota come inibitori di IκB-ε comprende una serie di composti che, pur non avendo come bersaglio diretto IκB-ε, esercitano i loro effetti inibitori attraverso la modulazione di varie vie di segnalazione che sono parte integrante della funzione di IκB-ε. Questi composti ottengono questo risultato mirando a diversi aspetti della via NF-κB o a processi cellulari correlati. Per esempio, inibitori come BAY 11-7082 e IKK-16 si concentrano sulla prevenzione dell'attivazione di NF-κB inibendo la fosforilazione e la degradazione delle proteine IκB, compresa IκB-ε. D'altra parte, gli inibitori del proteasoma come Bortezomib ostacolano il processo di degradazione di IκB-ε fosforilato, influenzando così la sua funzione nella via di segnalazione NF-κB.
Inoltre, composti come SP600125, SB203580 e PD98059 hanno come bersaglio varie MAP chinasi, che svolgono un ruolo centrale nelle cascate di segnalazione che si intersecano con le vie di NF-κB. La modulazione di queste chinasi influisce indirettamente sul ruolo di IκB-ε nella segnalazione di NF-κB. Altri composti come l'idrossiclorochina e l'anakinra influenzano l'attività di NF-κB attraverso i loro effetti, rispettivamente, sul recettore Toll-like e sulla segnalazione delle citochine. Anche gli inibitori delle specie reattive dell'ossigeno, come la N-acetilcisteina, e i modulatori della segnalazione del calcio, come il Verapamil, svolgono un ruolo nell'influenzare indirettamente la funzione di IκB-ε.
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