Gli inibitori chimici dell'idrossiacil-CoA deidrogenasi (HADHSC) funzionano interferendo con la via mitocondriale di ossidazione degli acidi grassi, di cui l'HADHSC è un enzima chiave. L'etomoxir e la perexilina hanno come bersaglio enzimi a monte dell'HADHSC, come la carnitina palmitoiltransferasi 1 (CPT1) e la carnitina O-palmitoiltransferasi (CPT) rispettivamente, che sono essenziali per il trasporto degli acidi grassi a catena lunga nei mitocondri. Inibendo questi trasportatori, riducono la disponibilità di substrati di acil-CoA grassi necessari all'HADHSC per svolgere il suo ruolo enzimatico nella β-ossidazione. L'oxfenicina agisce in modo simile inibendo la carnitina O-acetiltransferasi, riducendo così i livelli di acetil-CoA, un substrato nell'ossidazione degli acidi grassi, e limitando indirettamente l'attività dell'HADHSC. La trimetazidina inibisce la 3-chetoacil CoA tiolasi a catena lunga, coinvolta nella fase finale della β-ossidazione, diminuendo di fatto la produzione di substrati per l'HADHSC e contribuendo alla sua inibizione.
Inoltre, i modulatori metabolici come il malonato possono aumentare il rapporto NADH/NAD+ inibendo la succinato deidrogenasi nel ciclo degli acidi tricarbossilici (TCA). Questo spostamento può inibire l'HADHSC, che si basa sull'equilibrio NAD+/NADH per la sua attività di deidrogenasi. Il mildronato riduce la biosintesi di carnitina, compromettendo il trasporto degli acidi grassi nei mitocondri, che indirettamente riduce l'attività dell'HADHSC. La ranolazina e il metoprololo inibiscono indirettamente l'HADHSC riducendo il tasso di ossidazione degli acidi grassi, mentre la lovastatina influisce indirettamente sull'enzima diminuendo la produzione di intermedi per la sintesi degli acidi grassi. Il fenofibrato attiva PPARα, che può alterare l'espressione genica legata al metabolismo degli acidi grassi, influenzando indirettamente l'attività di HADHSC riducendo la disponibilità di substrato. Infine, il difenileniodonio e il nicotinammide riboside interferiscono con il trasporto di elettroni e con l'equilibrio NAD+/NADH, il che può portare all'inibizione funzionale dell'HADHSC attraverso un'alterata disponibilità di cofattori e l'inibizione dei prodotti.
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