Gli inibitori chimici della Fibrillarina-like 1 possono essere classificati in base al loro meccanismo d'azione e al modo in cui interagiscono con i domini funzionali della proteina o con le vie biochimiche associate. La S-Adenosil omocisteina compete con la S-adenosilmetionina, il substrato naturale donatore di metile della Fibrillarina-like 1, inibendo così direttamente la sua attività di metiltrasferasi. Questa inibizione competitiva è un approccio comune per ridurre l'attività funzionale degli enzimi, fornendo un substrato alternativo che si lega al sito attivo senza essere trasformato in un prodotto, portando a una diminuzione dell'attività catalitica dell'enzima. Analogamente, la metiltioadenosina può occupare il sito attivo di Fibrillarin-like 1, assomigliando abbastanza alla struttura della S-adenosilmetionina da impedire all'enzima di catalizzare le normali reazioni di metilazione. BIX-01294, pur essendo principalmente mirato a una diversa metiltransferasi, può anche inibire Fibrillarin-like 1 competendo con il legame del substrato dell'enzima, con conseguente diminuzione della sua funzione di metiltransferasi.
L'inibizione di Fibrillarin-like 1 si estende alle sostanze chimiche che interferiscono con lo stato di metilazione degli acidi nucleici, che sono fondamentali per il ruolo della proteina nell'elaborazione e nella modifica dell'rRNA. Composti come la 5-azacitidina e la decitabina si incorporano nell'RNA, interrompendo il processo di metilazione nei siti in cui Fibrillarina-like 1 dovrebbe tipicamente agire. Questa incorporazione agisce come un blocco per l'enzima, riducendo la sua capacità di interagire con i suoi substrati di RNA. La zebularina, inibendo le metiltransferasi del DNA, potrebbe modificare il modello di metilazione del DNA in modo tale da influenzare i substrati di RNA di Fibrillarina-like 1, inibendone così indirettamente l'attività. La quercetina inibisce le protein-chinasi coinvolte nella fosforilazione delle proteine che possono regolare la Fibrillarina-like 1, riducendone l'attività e impedendone l'attivazione attraverso queste chinasi. Un altro composto, la chaetocina, è un noto inibitore delle istone metiltransferasi e potrebbe ridurre la capacità di metilazione della Fibrillarina-like 1 competendo con i substrati dell'enzima. Il disulfiram e l'idralazina inibiscono rispettivamente i metalloenzimi e le DNA metiltransferasi e possono ridurre l'attività di Fibrillarin-like 1 modificando la disponibilità dei cofattori metallici o i modelli di metilazione degli acidi nucleici con cui Fibrillarin-like 1 interagisce. Infine, anche l'epigallocatechina gallato, un inibitore della DNA metiltransferasi, può determinare l'inibizione dell'attività di Fibrillarina-like 1 alterando i modelli di metilazione dei suoi substrati di acido nucleico.
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