Gli inibitori di EID-2B hanno come bersaglio una serie di vie e processi che possono indirettamente portare all'inibizione dell'attività di EID-2B. Questi composti funzionano alterando lo stato di acetilazione delle proteine, influenzando le vie di degradazione delle proteine o influenzando varie vie di segnalazione che EID-2B può regolare o essere regolato. Composti come la tricostatina A e l'acido valproico possono aumentare l'acetilazione degli istoni, un processo che EID-2B è noto per regolare negativamente attraverso l'inibizione del complesso CBP/p300 istone acetiltransferasi. L'aumento dell'acetilazione può contrastare la repressione da parte di EID-2B, riducendo così il suo effetto repressivo complessivo sulla trascrizione genica.
Altri composti, come la clorochina e l'MG132, mirano alle vie di degradazione delle proteine. L'attività della clorochina nell'alcalinizzare il pH lisosomiale può portare a una riduzione della degradazione delle proteine, con conseguente potenziale accumulo di proteine che l'EID-2B normalmente regolerebbe. Analogamente, l'inibizione del proteasoma da parte di MG132 impedisce la degradazione delle proteine ubiquitinate, determinando un accumulo di substrati con cui EID-2B potrebbe interagire, ostacolando la funzione regolatoria di EID-2B.
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