La classe chimica degli inibitori della Connexina 36 comprende una varietà di composti che possono potenzialmente inibire la funzione della Connexina 36 in modo indiretto, prendendo di mira i processi cellulari e le vie di segnalazione legate alla formazione delle giunzioni gap e alla comunicazione neuronale. Il carbenoxolone e l'acido 18α-glicirretinico sono noti bloccanti delle giunzioni gap che possono interrompere la comunicazione intercellulare e quindi potenzialmente inibire le giunzioni gap mediate da Cx36 nei neuroni. Analogamente, il 2-APB, attraverso la modulazione della segnalazione del Ca²⁺ intracellulare, può influenzare la funzione di Cx36 nella formazione delle giunzioni gap.
I farmaci antinfiammatori non steroidei come l'acido meclofenamico e l'acido flufenamico, interrompendo la comunicazione delle giunzioni gap, potrebbero inibire indirettamente la Cx36. La chinina e la lidocaina, note per i loro effetti sui canali ionici, potrebbero influenzare indirettamente la funzione di Cx36 alterando l'eccitabilità e la segnalazione neuronale. Anestetici come l'alotano, modulando l'attività neuronale, possono potenzialmente interrompere le giunzioni gap neuronali che coinvolgono la Cx36. La tetrodotossina, in quanto bloccante dei canali del sodio, potrebbe influenzare in modo simile l'attività neuronale e quindi la funzione di Cx36. L'ottanolo e l'eptanolo, entrambi noti per bloccare la comunicazione delle giunzioni gap, rappresentano un approccio diretto all'inibizione delle giunzioni gap, comprese quelle formate da Cx36. La baicaleina, con i suoi ampi effetti sulle vie di segnalazione, potrebbe potenzialmente avere un impatto sull'espressione o sulla funzione di Cx36 nei neuroni.
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