Gli inibitori chimici di C6orf165 possono modulare l'attività della proteina attraverso varie vie di segnalazione, colpendo specifiche chinasi ed enzimi che ne regolano la funzione. Wortmannin e LY294002 sono entrambi inibitori della fosfoinositide 3-chinasi (PI3K). Bloccando la PI3K, queste sostanze chimiche impediscono la formazione di fosfatidilinositolo (3,4,5)-trisfosfato (PIP3), un secondo messaggero vitale coinvolto nell'attivazione di AKT. Questa azione porta a una diminuzione della fosforilazione e dell'attivazione delle proteine a valle che fanno parte della via PI3K/AKT/mTOR, alla quale è legata l'attività di C6orf165. La rapamicina inibisce specificamente mTOR, un componente centrale della stessa via, e quindi riduce indirettamente l'attività funzionale di C6orf165 smorzando l'output della via.
Più in basso nella cascata di segnalazione, PD98059 e U0126 funzionano come inibitori di MEK, bloccando la via MAPK/ERK, che è un'altra via cruciale per la trasduzione del segnale cellulare. Questi inibitori impediscono l'attivazione di MEK1/2, con conseguente riduzione dell'attività di ERK e conseguente diminuzione dell'attività funzionale delle proteine regolate da questa via, tra cui C6orf165. Analogamente, SB203580 e SP600125 hanno come bersaglio rispettivamente le vie p38 MAPK e JNK, aggiungendo uno spettro di inibizione delle chinasi che può influenzare la funzione di C6orf165. SB203580 inibisce specificamente p38 MAPK, mentre SP600125 ha come bersaglio JNK, entrambe chinasi che possono influenzare l'attività di diverse proteine cellulari. Dasatinib e PP2 inibiscono le chinasi della famiglia Src, determinando una riduzione della fosforilazione di molti substrati, compresi quelli che possono regolare l'attività di C6orf165. Go6983, un inibitore della protein chinasi C (PKC), sopprime l'attività delle isoforme di PKC, riducendo potenzialmente l'attività delle proteine all'interno delle vie regolate da PKC in cui C6orf165 potrebbe svolgere un ruolo. Infine, SL327 e Sorafenib, entrambi inibitori di MEK, contribuiscono all'inibizione della via MAPK/ERK, stabilendo ulteriormente il controllo delle cascate enzimatiche che potrebbero regolare l'attività funzionale di C6orf165.
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