Gli inibitori chimici di C6orf126 hanno come bersaglio varie chinasi ed enzimi coinvolti nelle vie di segnalazione cellulare necessarie per l'attività della proteina. Palbociclib, un inibitore di CDK4/6, impedisce la progressione del ciclo cellulare, necessaria per la funzione di C6orf126. Arrestando il ciclo cellulare, Palbociclib garantisce che le condizioni necessarie a C6orf126 per essere attivo non siano soddisfatte, portando alla sua inibizione funzionale. In modo simile, l'Alsterpaullone esercita i suoi effetti inibitori prendendo di mira le chinasi ciclina-dipendenti e GSK-3, che sono probabilmente coinvolte nei processi di fosforilazione essenziali per l'attività di C6orf126. L'interruzione delle cascate di fosforilazione determina l'inibizione dell'attività di C6orf126. La roscovitina contribuisce a questo effetto anche inibendo selettivamente le CDK, che dovrebbero essere necessarie per la fosforilazione e quindi l'attivazione di C6orf126.
Continuando con il tema dell'inibizione delle chinasi, la triciribina agisce colpendo specificamente AKT, una chinasi implicata nella fosforilazione di substrati che potrebbero essere necessari per la funzione di C6orf126. Inibendo AKT, la triciribina impedisce gli eventi di fosforilazione su cui si basa C6orf126. MLN8237 inibisce la chinasi Aurora A, che è probabilmente coinvolta nella fosforilazione di proteine nello stesso percorso cellulare di C6orf126. L'inibizione di questa chinasi potrebbe quindi impedire la fosforilazione e la successiva attivazione di C6orf126. Sotrastaurin e Ruboxistaurin sopprimono l'attività della protein chinasi C (PKC), con quest'ultima che inibisce specificamente la PKCβ. Poiché la PKC è coinvolta in una miriade di processi cellulari, compresi quelli che potrebbero regolare il C6orf126, la sua inibizione da parte di queste sostanze chimiche porterebbe a una diminuzione dell'attività del C6orf126. La midostaurina agisce inibendo più chinasi proteiche, tra cui quelle che fosforilano il C6orf126 o le proteine che interagiscono con esso, impedendo così la sua capacità funzionale. AT7519, un altro inibitore multi-CDK, altera il ciclo cellulare in modo simile a Palbociclib, influenzando l'attività di C6orf126 a causa della sua dipendenza dalle fasi del ciclo cellulare. Lestaurtinib è un inibitore di JAK2 che può ridurre la fosforilazione delle proteine STAT, potenzialmente coinvolte nella stessa via di segnalazione di C6orf126, e quindi inibirla. Dasatinib ha come bersaglio le chinasi della famiglia Src, che potrebbero regolare l'attività di C6orf126 influenzando la sua via di segnalazione. Infine, Omecamtiv mecarbil, noto per la sua azione sulla miosina ATPasi cardiaca, potrebbe anche influenzare le funzioni contrattili delle cellule muscolari che sono correlate all'attività di C6orf126, portando alla sua inibizione.
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