Gli inibitori di C11orf46 costituiscono un gruppo eterogeneo di composti che esercitano i loro effetti inibitori attraverso l'interferenza con specifiche cascate di segnalazione. Ad esempio, LY294002 e Wortmannin hanno come bersaglio l'enzima PI3K, un elemento cardine della via di segnalazione PI3K/Akt. L'attività funzionale di C11orf46 è potenzialmente dipendente dagli eventi di fosforilazione mediati da Akt. Impedendo la capacità di PI3K di catalizzare la conversione di PIP2 in PIP3, questi inibitori bloccano l'attivazione di Akt, che a sua volta potrebbe portare all'inibizione di qualsiasi effettore a valle, compreso C11orf46.
Composti come U0126 e PD98059, noti inibitori di MEK, potrebbero influenzare C11orf46 se è collegato alla via MAPK/ERK. Questi inibitori bloccano specificamente l'attivazione di MEK, che è a monte di ERK. La prevenzione della fosforilazione di ERK e della sua successiva attivazione comporterebbe una riduzione della segnalazione attraverso la via MAPK/ERK. Poiché questa via è coinvolta in un'ampia gamma di processi cellulari, tra cui la crescita e la differenziazione, l'inibizione di MEK potrebbe portare a una diminuzione dell'attività di C11orf46 se è regolato o fa parte di questa via.
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