Gli inibitori chimici di BAZ2B funzionano attraverso vari meccanismi per impedire il suo ruolo nel rimodellamento della cromatina e nel riconoscimento degli istoni metilati o acetilati. Il C646 agisce inibendo selettivamente la p300, un'istone acetiltransferasi che può acetilare il BAZ2B, riducendo così la sua capacità di legarsi efficacemente ai nucleosomi. Analogamente, il garcinolo e l'acido anacardico hanno come bersaglio la p300 e la PCAF, un'altra istone acetiltransferasi che, se inibita, determina una minore acetilazione del BAZ2B, limitandone l'attività di rimodellamento della cromatina. La curcumina altera la funzione di BAZ2B inibendo l'attività HAT di p300, essenziale per l'acetilazione e la successiva attivazione di BAZ2B. Questa interruzione porta a una diminuzione della capacità di BAZ2B di modulare la struttura della cromatina.
Inibitori come BIX-01294 e UNC0638 mirano alla capacità di riconoscimento della metilazione di BAZ2B. BIX-01294 inibisce la G9a HMTasi, che metila i residui istonici che BAZ2B riconosce e lega. UNC0638 ostacola ulteriormente la funzione di BAZ2B inibendo le istone metiltransferasi G9a e GLP, riducendo l'interazione di BAZ2B con la cromatina a causa della diminuzione del substrato di legame. Anche la chaetocina e la 3-Deazaneplanocina A riducono la metilazione degli istoni, con la chaetocina che inibisce la SUV39H1 e la 3-Deazaneplanocina A che ha come bersaglio la EZH2; in entrambi i casi, la capacità di BAZ2B di legare gli istoni metilati bersaglio diminuisce. L'entinostat, un inibitore HDAC di classe I, aumenta l'acetilazione degli istoni, forse interferendo con l'interazione di BAZ2B con gli istoni metilati. La quercetina inibisce le chinasi responsabili della fosforilazione di BAZ2B, necessaria per la sua attività, riducendone indirettamente la funzione. MG-132 impedisce la degradazione proteasomica delle proteine, che potrebbe interferire con la segnalazione ubiquitina-dipendente necessaria per l'attività di BAZ2B. Infine, I-CBP112 compete con BAZ2B per il legame alle lisine acetilate degli istoni a causa della sua inibizione delle bromodomini di CBP/p300, impedendo il legame alla cromatina e la conseguente funzione di BAZ2B.
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