La classe chimica denominata inibitori di C2CD6 comprende composti che possono influenzare indirettamente la funzione della proteina C2 contenente il dominio calcio-dipendente 6 modulando le vie di segnalazione del calcio o processi cellulari correlati. Questi composti non sono antagonisti diretti della proteina, ma possono alterare l'ambiente cellulare in modo da attenuare l'attività di C2CD6. Questa modulazione può avvenire attraverso vari meccanismi, come il blocco dei canali del calcio voltaggio-dipendenti da parte di molecole come il verapamil, il diltiazem, la nifedipina e l'amlodipina, che impediscono agli ioni calcio di entrare nella cellula e quindi influenzano i processi che dipendono dal flusso di calcio.
Un'ulteriore influenza sulla segnalazione del calcio proviene da composti come il 2-APB, che modula sia i recettori IP3 che i canali del calcio azionati dal magazzino, e la thapsigargina e la rianodina, che interrompono in modo specifico l'immagazzinamento e il rilascio del calcio dal reticolo endoplasmatico. Altre sostanze chimiche, come TMB-8, SKF-96365 e Xestospongin C, hanno come bersaglio il rilascio di calcio intracellulare e l'ingresso di calcio mediato dai recettori, che possono alterare le vie di segnalazione all'interno della cellula. Il BAPTA-AM e l'acido ciclopiazonico contribuiscono a questa classe di farmaci chelando il calcio intracellulare e inibendo le pompe del calcio, rispettivamente, perturbando ulteriormente i meccanismi calcio-dipendenti in cui C2CD6 potrebbe essere coinvolto.
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