Os inibidores químicos do ZNF404 podem exercer os seus efeitos através de várias vias moleculares que são essenciais para a função da proteína. O dasatinib, através da sua inibição das cinases da família Src, interrompe os eventos de fosforilação que são essenciais para a atividade do ZNF404. Do mesmo modo, o AZD0530 e o PD173955 também têm como alvo estas cinases, reduzindo as cascatas de sinalização das quais o ZNF404 depende. Este bloqueio das vias de sinalização das cinases assegura que o ZNF404 não pode funcionar de forma óptima. O palbociclib actua através da inibição da CDK4/6, que são cinases que influenciam potencialmente o ciclo celular e os mecanismos de proliferação que o ZNF404 pode governar, impedindo assim que o ZNF404 exerça os seus efeitos reguladores.
Mais abaixo nas vias de sinalização, a função do ZNF404 pode ser impedida por produtos químicos como o PF-562271 e o Y-27632, que inibem a FAK/Pyk2 e a cinase ROCK, respetivamente. Estas cinases estão implicadas na regulação da adesão celular, migração e organização do citoesqueleto, processos que o ZNF404 pode ajudar a controlar. Ao obstruir estas vias, as capacidades reguladoras do ZNF404 ficam comprometidas. O GDC-0941 e o LY294002 têm como alvo a PI3K, uma quinase fundamental na via de sinalização PI3K/AKT, que o ZNF404 pode utilizar. A inibição desta via restringe a atividade dos efectores a jusante que são necessários para a função do ZNF404. O U0126, o SP600125 e o SB203580 afectam as vias de sinalização MAPK, inibindo a MEK1/2, a JNK e a p38 MAP quinase, respetivamente. Estes inibidores contribuem coletivamente para a redução da atividade das vias MAPK/ERK e JNK, que são potenciais reguladores do ZNF404.
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